上海交大欧竑宇研究组发展细菌六型分泌系统数据库

近日，上海交通大学生命科学技术学院/微生物代谢国家重点实验室欧竑宇研究组在Science China Life Sciences发表了题为“SecReT6 update: a comprehensive resource of bacterial Type VI Secretion Systems”的论文，更新了细菌六型分泌系统开放数据库SecReT6，提供六型分泌系统的高质量数据和新分析工具。


图1. 细菌六型分泌系统数据库SecReT6 更新版的框架(https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/SecReT6/)


图2. 预测和验证鲍曼不动杆菌临床分离株JS-A5、JS-A7和JS-A9借助六型分泌系统杀伤大肠杆菌的功能

六型分泌系统（Type VI secretion system，T6SS）是革兰阴性菌中常见的细胞接触依赖型跨膜装置，在菌间拮抗和致病机制等方面发挥着重要的作用。细菌六型分泌系统数据库SecReT6更新版通过文献挖掘和人工编审，系统地梳理了实验验证的T6SS装置、效应蛋白、免疫蛋白、附属蛋白和调控因子等重要信息，可视化地展示了细菌种属、基因组、T6SS基因簇与相关蛋白之间复杂的映射关系。SecReT6还预测了NCBI收录的二万多个细菌基因组序列中的一万多个T6SS，提供了T6SS依赖型菌间拮抗作用预测工具等五款新的在线分析工具。此外，该研究还描述了SecReT6的一个应用实例，识别和鉴定了鲍曼不动杆菌临床分离株中的T6SS。基于T6SS依赖型菌间拮抗作用预测工具的分析结果，通过鲍曼不动杆菌和大肠杆菌的菌间竞争实验，发现了鲍曼不动杆菌的T6SS依赖型菌间拮抗作用存在多种的不同形式，包括该研究已观察到的：(i) 鲍曼不动杆JS-A5借助T6SS来杀伤大肠杆菌J53。(ii) 鲍曼不动杆JS-A9丢失了T6SS基因簇，不能杀伤大肠杆菌。(iii) 鲍曼不动杆菌JS-A7中T6SS的表达受到H-NS家族蛋白HvrA的抑制，杀菌功能处于沉默状态；随后的基因敲除和回补、异源表达以及荧光定量PCR等实验结果进一步表明：鲍曼不动杆菌染色体的T6SS受到质粒编码的H-NS蛋白的负向调控。SecReT6更新版提供的T6SS数据集和分析工具，将有效地辅助实验人员从海量细菌基因组数据中挖掘T6SS，进而开展T6SS的生物学功能研究。

论文链接：https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-022-2172-x