1999年，中国科学院上海生命科学研究院、上海交通大学医学院”强强联合”，率先跨科学院系统与医学教育/卫生系统组成了健康科学中心，并于2002年4月开始实体化运作。依托生科院在国内生物学基础研究领域的领先地位和交大医学院在国内医学院校中名列前茅的优势，研究所瞄准生物医学领域的前沿课题和社会发展需求，围绕人类重大疾病，重点发展与临床结合的基础和应用性研究。
发展战略
从建设以生物学基础研究为重点的基础研究部入手，经过发展以疾病为研究对象的医学研究部，进而创建以直接推动创新诊断治疗方法为目的的临床实验基地，实现生物医学转化型研究机构的创建。通过三个研究部的密切合作与相互促进，努力建成一个以人口与健康为主导的、生物学与医学有机结合的创新研究基地、高级人才培养基地以及技术开发和成果转化基地，探索和推进具有中国特色的医学转化型研究新模式。
发展规划
研究所在创建阶段的发展目标是建成具有一定规模的生物医学转化型研究的科技园区，分三期建设了三个研究部：基础研究部、医学研究部和转化型研究部。
第一期在的建立研究所总体的基本框架和运作管理体系的基础上，建设了基础研究部，在基础研究大楼(1号楼)内建设了一批研究设施现代化的生物学基础研究实验室，启动了各研究组的科研工作并开始培养研究生。
第二期的核心是组建临床研究部，首批6个力创重要研究领域的相关科研队伍于2004年初迁入园区内的临床研究大楼(5号楼)，加快了临床基础研究活动。
第三期于2005年初建成了医学研究转化型研究部，包括：临床医院合作网络、与国内外企业的联合研发实验室、以及与之相应的配套管理/服务体系，有医学研究伦理审查体系、知识产权管理与转化体系、临床研究服务体系等。从不同角度、以不同方式促进基础研究成果向临床应用的转化，完成从基础到临床的跨越，开创研究所独具特色的全新发展方向。力争通过10-15年的努力，研究所能发展成符合中国健康事业和经济建设需要、具有国际水平的生物医学研究和开发平台以及人才培养基地。
除了园区内的建设项目，研究所还与有关科研机构合作，建立所外研究机构和临床合作网络。临床合作网络则主要分布在上海乃至国内有特色的临床医院里。
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